Научный семинар по теории дифференциальных уравнений был организован на кафедре Высшей математики Ижевского механического института (ныне Ижевский государственный технический университет) в 1954 году Николаем Викторовичем Азбелевым — молодым кандидатом физико-математических наук, приехавшим из Москвы.
Примерно в это же время (1955 г.) в Удмуртский государственный педагогический институт приехал выпускник механико-математического факультета Казанского государственного университета Зиновий Борисович Цалюк, который стал, наряду с Н.В. Азбелевым, соруководителем семинара. В этот период заседания Семинара проходили по средам в аудитории 302 кафедры Высшей математики ИМИ на ул. Горького, 79.
С осени 1966 г., после отъезда из Ижевска Н.В. Азбелева и З.Б. Цалюка, руководство Семинаром взяли на себя А.Л. Тептин и Ю.В. Комленко.
Начиная с 1975 г. руководство Семинаром принял Е.Л. Тонков и затем, последовательно, Е.Л. Тонков и И.Я. Шнейберг и Е.Л. Тонков и Н.Н. Петров. С этого времени Семинар поменял своё название (Семинар по дифференциальным уравнениям и теории управления) и прочно обосновался в УдГУ.
Как и прежде, заседания Семинара проходят со средам с 16:30 до 18:00 в помещении кафедры «Дифференциальные уравнения» (4-й корпус УдГУ, второй этаж, аудитория 238).
Кроме основного Семинара каждый семестр объявляются темы микро-семинаров по конкретным исследуемым темам.
С 2020 года Семинар проходит при поддержке Уральского математического центра (проект № 075-02-2021-1383).
